微生物经常涉及发酵、食品、医药、菌肥、环保、种植、畜牧、水产等各个行业。，而他们努力工作却得不到报酬，所以我们常常有意无意地雇佣微生物来生产干扰素、半纤维素酶、纤维素酶、单细胞蛋白、功能肽、氨基酸、抗生素、有机酸、疫苗、维生素、蛋白酶、淀粉酶和核苷酸。总的来说，目前主要的发酵方式有好氧发酵罐和厌氧发酵，又可分为固体发酵和液体发酵。发酵细菌种类繁多，如光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、稀有真菌、霉菌等微生物。此外，还可以产生藻类、病毒等。

　　1.在正常情况下，好氧发酵往往是自然空气的交换，而工业好氧发酵的发酵过程中，不断用空气压缩机向发酵罐中通入适量的经过几个滤芯过滤的无菌空气，通气比通常为1vvm，以合适的转速进行搅拌发酵。此外，还需要设定和校正或控制PH、DO、转速、温度、发酵持续时间等。常见的好氧发酵有黄单胞菌多糖发酵、黑曲霉柠檬酸发酵、各种放线菌产生的纤维素酶和抗生素、棒状杆菌谷氨酸发酵、荧光假单胞菌生防发酵、家庭霉变豆腐发酵、泡菜发酵、面包发酵等。

　　2.厌氧发酵在发酵过程中不需要空气，甚至会引入其他惰性气体来排除空气。如乳酸菌的乳酸发酵和家用酸奶发酵，啤酒发酵，家用米酒发酵等等。当然也有很多是有氧和无氧发酵相结合的，比如白酒、啤酒、面包、米酒。其实好氧和好氧都有，因为不同种类的微生物，不同阶段的作用是不一样的，尤其是酵母，是兼性厌氧的。酿酒酵母可以发酵葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、蜜二糖、木糖、果糖、甘露糖等多种糖类，有时需要增值，有时需要产气，有时需要生产酒精，等等。乳酸菌使用乳糖。

　　所以从广义上讲，它们的操作区别在于通气，其他较常见的好氧发酵和厌氧发酵应该是畜禽粪便处理的区别。